[뉴스토마토 조승진 기자] 법인세법에 따른 사업자등록이 되지 않은 주택조합이라면 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받더라도 구 종합부동산세(종부세) 면제 대상이 아니라는 법원 판단이 나왔다.

 

서울행정법원 행정2부(재판장 신명희)는 원고 A주식회사가 삼성세무서장을 상대로 낸 종합부동산세등 부과 처분취소 소송에서 원고 패소로 판결했다고 26일 밝혔다.

 

B주택조합은 2015년 10월16일 음성군수로부터 충북 음성군 지역에 총 651세대 규모의 아파트 건설사업계획을 승인 받았고, 2019년 2월20일 아파트 각 건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤다. 미분양 아파트 54세대는 수탁자를 A주식회사로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하고, 2019년 4월5일 B주택조합 앞으로 소유권 이전 등기를 마쳤다.

 

이에 삼성세무서는 2020년 종부세 과세기준일인 6월1일까지 미분양 상태로 남아있는 주택을 종부세 과세표준 합산 대상으로 보고 A주식회사에 2519만 7819원 및 농어촌특별세 503만 9560만 원 부과·고지했다.

 

삼성세무서 결정에 불복한 A주식회사는 2021년 2월9일 조세심판원에 심판청구를 했다. 하지만 같은 해 7월16일 기각결정을 받자, A주식회사는 소송을 냈다.

 

이번 사건의 쟁점은 B주택조합을 ‘사업자등록을 한 자’로 볼 수 있는지 여부다. B주택조합은 2015년 6월11일, ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 뒤 고유번호를 발급받았을 뿐 법인세법상과 부가가치세법상 사업자등록은 하지 않았다.

 

구 종합부동산세법 제8조 제2항은 주택건설 사업자가 건축해 소유하고 있는 미분양주택의 경우 과세표준에서 합산배제하게 돼 있다. 합산배제란 종부세 과세 대상에서 제외되는 신고 방식이다.

 

A주식회사는 B주택조합의 고유번호가 사업자등록번호에 준한다며 “삼성세무서가 2020년도 종부세를 적용할 때 미분양아파트를 합산배제하고 종부세를 산출했어야 하지만 그렇게 하지 않았다”고 주장했다.

 

반면 재판부는 "B주택조합이 종부세 과세기준일인 2020년 6월1일 사업자 등록이 안 돼 있어 종부세 면제 대상이 아니”라며 "구 종부세 시행령 제4조에 명시된 '사업자 등록'은 법인세법에 따른 사업자 등록을 의미한다고 봐야 한다”고 밝혔다.

 

또 부가가치세법상 △사업자등록과 고유번호를 구별하고 있는 점 △고유번호만 부여받은 사업자는 매입세액공제 대상이 아닌 점 △고유번호 부여 취지는 조세 탈루를 막기 위한 점 △면세받은 법인은 과세기간 종료 후 매입처별 세금계산서합계표를 제출할 의무가 있는 점 등이 있다고 설명했다.

 

이어 “부가가치세법은 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자 간에 그 권리와 의무를 달리 부여하고 있다”라며 “B주택조합과 같이 단지 고유번호만을 부여받은 사업자를 부가가치세법상 사업자등록을 한 자와 동일하다고 평가할 수 없다”고 판시했다.

 

 

 

조승진 기자 chogiza@etomato.com